Realmente parecia-me estar a falhar algo mas pelos vistos não.
Pois eu n me importava de fazer os wipes e fatory reset, o problema é dps no 4.3 n posso repor o backup através do titanium.
Há partida queria deixar stock sem root após colocar o 4.3, até porque até ao final do ano deve sair tmb o 4.4.
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Não consigo entender o teu problema.
Podes instalar a 4.3 Mega, que é uma rom "stock" onde podes fazer root usar o titanium. Não te altera a flag do knox. Podes sempre instalar a rom oficial do teu telefone (quando sair) para efeitos de garantia e estás completamente seguro, se fizeres tudo correcto. O que não podes fazer depois de colocar a 4.3:
voltar atrás a uma rom 4.2.2
instalar uma recovery custom
instalar um kernel custom
instalar uma custom rom (de uma forma facil, não podes, mas se te esforçares consegues)
Ou então para quem está com os bootloaders antigos (sem knox) segue o link do nfribeiro que está acima.
cumps