Tudo mt bem nesse tipo de lojas que enumeras, mas...
Se comprares um telefone na MEO e enviares para garantia com um CSC diferente e ROM sem ser MEO, arriscas a ter problemas que a MEO não te dá garantia.
Se enviares directamente para o reparador já a coisa pode correr melhor, mas..
Seja como for concordo ctg que é preciso má fé para não darem garantia por te ro CSC alterado, mas tb não esqueças que para flashar uma ROM com CSC diferente precisas de ferramentas (ODIN) não legais, o odin não é disponibilizado oficialmente ao publico, que eu saiba 
Pois lá está, a prepotência a querer enganar o tolo - quem dá e tem que dar garantia é a Samsung e não a meo! Aliás, duvido que haja muitos empregados das lojas meo que saibam mexer num telemóvel para confirmarem o csc. É daí até à Decsis ou Tamet, alguém pode alterar isso, por exemplo. Logo, e só por aqui, nunca isso pode ser razoável. Mais ainda, tanto quanto sei por relatos aqui do próprio fórum, a meo chegou a vender telemóveis desbloqueados e com TPH, como sendo bloqueados!
O Odin é tão externo à Samsung como qualquer app, quer seja da play store, quer seja de outra store diferente. Se se refere a só o Odin ser ilegal (partindo do princípio que o sammobile é legal), então para que servem e disponibilizam firmwares legais, se não há ferramentas legais para os instalar?! Mais ainda, a própria Samsung pôs uma toggle nas definições para se poderem instalar aplicações de origem desconhecida! Avisa que pode ser perigoso, mas não impede, porque... porque simplesmente não pode impedir!
Penso eu de que...